"Investigating Trek" macht es sich zur Aufgabe, hinter die Episoden und Filme von Star Trek zu schauen und die Ungereimtheiten und Probleme, die bei einer so komplexen Saga wie Star Trek vor allem in Bezug auf reale bzw. fiktive Wissenschaft und Technik nun mal zwangsläufig entstehen, aufzudecken, ihre Ursachen zu beleuchten und - wenn möglich - Lösungsvorschläge zu erarbeiten. Letztlich soll das Projekt nicht das Star Trek Franchise demontieren, sondern darauf hinweisen, das es immer noch Menschen sind, die das Star Trek Universum jede Woche neu erschaffen.